Mimari yapısının kompleks özellikleri, freskleri ve bölgenin en eski kaya kilisesi oluşu itibariyle Tokalı Kilisesi, turistlerin favori ziyaret güzergahları arasında yer almaktadır. Dört ayrı mekândan oluşan yapının Tek Nefli Eski Kilise, Yeni Kilise, Eski Kilise’nin altındaki Mezar Şapeli ve Yan Şapel ziyaret eden turistlerin uzun ve keyifli anları yaşamasına katkıda bulunmaktadır. İncil’de çeşitli konuların tasvirlendiği freskler kilisenin görkemine estetik değerler katmaktadır. Kilisede bulunan Aziz Tasvirleri, Müjde, Doğum, Hz. İsa'nın Mabede Takdimi, Vaftiz, Hz. İsa Çarmıhta, Hz. İsa'nın Çarmıhtan İndirilmesi, İsa'nın Gömülmesi, Kadınlar Boş Mezar Başında, Hz. İsa'nın Göğe Çıkışı gibi tasvirler görülmeye değer niteliktedir. Yeni Tokalı Kilise, enlemesine dikdörtgen planlı olup, doğu duvarında kemerlerle birbirine bağlı dört sütun, sütunların arkasında yükseltilmiş bir koridor, koridordan sonra ana apsis ile iki yan apsis yer almaktadır. Nefinde Hz. İsa'nın siklusu kronolojik sıraya göre daha çok kırmızı ve mavi renkler kullanılarak işlendiği görülmektedir. Koyu mavi renk, Tokalı Kilise'yi diğer kiliselerden ayıran en önemli özellik olarak kabul edilmektedir.